Как выяснилось, стандартные проекты в AVR32 Studio не сильно дружат с ассемблерными исходниками.
То есть просто кинуть ассемблерный файл в проект и скомпилировать может быть целой проблемой. Компилятор может упорно выдавать ошибку на ровном месте, например, в файле из поставляемого самой Atmel фреймворка для работы с AT32UC3A.
Есть решение в виде создания make-проекта ( AVR32 C Project (Make) ) и написания собственного make-файла.
Недостаток этого способа, что приходится вручную писать makefile и править его при добавлении новых исходников или удалении старых.
Но лучше так, чем никак — AVR32 Studio сделана на основе eclipse, и работать в ней весьма приятно…
